New Twitter に対応するの面倒でやっていなかったけれど、完全移行もしたことだし修正しました(最初のエントリー: http://oquno.com/log/eid1947.html)。動作はOperaとFirefoxで確認してます。

http://oquno.com/misc/twitterfaviconchanger.user.js
同じだけどUserScripts.orgにも上げてある http://userscripts.org/scripts/show/14956

あとfavidenticonも実装適当だけどお勧めです(Operaだとそのままでは動かない)。