Windowsのデスクトップ環境で試行錯誤しているので、メモしておく。このへんを見ておくのもいいかも。
そのうちこのようにサーバー等で処理させるようにもしてみたいところ。

■IrfanView32

スキャンしたままの画像だと白であるべきところが紙の色になっていたりするので、ファイルの一括変換でコントラストを上げて綺麗に見えるようにする。
http://www8.plala.or.jp/kusutaku/iview/

■eTilTran

主に傾き補正とついでにリサイズ。自動で傾きを解析してくれる。裁断が斜めになったせいかスキャンした画像が傾くことが多々あるのでよく使う。
http://no722.cocolog-nifty.com/blog/etiltran/

■ChainLP

余白飛ばしてKindleに最適化された(mobi|zip|pdf)を作ったり。
http://no722.cocolog-nifty.com/blog/chainlp/

■PageSplitter

見開き画像を真ん中で分割するのを一括でできる。
http://www.vector.co.jp/soft/win95/art/se482746.html