元のファイルを削除してしまえばいい。DB 名が "userstreams" ならば dbpath にある userstreams.1 とかをまとめて(mongod 止めてから)

$ rm userstreams.*

してしまって問題なかった。ext3 だから db.dropDatabase() おせーんだよみたいなこと書いてる人もいたけど ext4 でも遅かったしなんだったんだろう。ちなみに今回は HDD がやばくなって 100GB くらいある 2 年分くらいの Twitter の User Streams のログ削除したのだけれど、削除する前に mongodump したら 30GB くらいになって別の場所に移したので一応再利用可能っぽい感じですかね。